分子和晶體結(jié)構(gòu)坐標(biāo)編輯器(Cartes)1.3 綠色免費(fèi)版

關(guān)于分子和晶體這些想必大多數(shù)網(wǎng)友都不是很了解吧。因?yàn)檫@個(gè)詞匯太專(zhuān)業(yè)了，那么化學(xué)專(zhuān)業(yè)的網(wǎng)友應(yīng)該對(duì)這個(gè)很了解。分子和晶體結(jié)構(gòu)坐標(biāo)編輯器(Cartes)是對(duì)分子和晶體的結(jié)構(gòu)進(jìn)行編輯和操作的強(qiáng)大工具，它可以幫助人們解決在進(jìn)行理論和計(jì)算化學(xué)研究時(shí)模型構(gòu)造中所遇到的困難。接下來(lái)，詳細(xì)的介紹一下。

分子和晶體結(jié)構(gòu)坐標(biāo)編輯器(Cartes)有什么功能

（一）晶體坐標(biāo)變換
(1)晶體的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)轉(zhuǎn)化成直角坐標(biāo)。
(2)晶體的直角坐標(biāo)轉(zhuǎn)化成分?jǐn)?shù)坐標(biāo)。
(3)生成向ａ,ｂ,ｃ三個(gè)方向堆積i,j,k個(gè)晶胞的全部分?jǐn)?shù)坐標(biāo)或直角坐標(biāo)。
(4)生成按照給定對(duì)稱(chēng)性關(guān)系得出的所有相關(guān)原子的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)或直角坐標(biāo)。
(5)按照空間群的對(duì)稱(chēng)性由不等價(jià)原子推出一個(gè)晶胞內(nèi)所有原子的坐標(biāo)。
(6)查看空間群信息，包括國(guó)際空間群符號(hào)，Schonflies標(biāo)記，晶系，Wyckoff位置以及所有對(duì)稱(chēng)性等價(jià)位置等。
(7)自動(dòng)轉(zhuǎn)換*.cif文件：從*.cif文件中讀取選定結(jié)構(gòu)，然后自動(dòng)將其轉(zhuǎn)換成包含一個(gè)完整晶胞的坐標(biāo)文件。
（二）分子坐標(biāo)變換
(1)按照指定對(duì)稱(chēng)操作任意平移、旋轉(zhuǎn)、反映或反演當(dāng)前的坐標(biāo)。
(2)將一組坐標(biāo)的中心平移到原點(diǎn)。
(3)判斷分子的點(diǎn)群，并顯示主要對(duì)稱(chēng)元素（如旋轉(zhuǎn)軸的軸向矢量，對(duì)稱(chēng)面的法向矢量等等）。
(4)自動(dòng)調(diào)整分子取向，包括：
1)自動(dòng)將分子的主軸調(diào)整到x,y,z軸上。
2)自動(dòng)將分子的自定義的某個(gè)軸調(diào)整到自定義的另外一個(gè)軸上。
（三）各種文件格式的轉(zhuǎn)換
(1)可導(dǎo)入的直角坐標(biāo)文件格式有：
Gaussian Job Files (*.gjf)
XYZ Coordinate (*.xyz)
Brookhaven PDB Files (*.pdb,*.ent)
Crystallographic Information Files (*.cif)
MDL MOL Files (*.mol,*.sdf,*.sd,*.mdl)
InsightII CAR Files (*.car)|*.car
Cambridge Crystallographic (*.csd,*.fdat,*.dat)
Quanta Files (*.msf)
Sybyl MOL2 Files (*.mol2)
Cerius2 Files (*.msi)
Catalyst Files (*.cpd)
Catalyst Query Files (*.chm)
MDL Sketch (*.skc)|*.skc
InsightII Grid Files (*.grd)
DS ViewerPro Files (*.msv)
(2)可導(dǎo)入的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)文件格式有：
Gaussian Job Files (*.gjf)
Crystallographic Information Files (*.cif)
(3)可導(dǎo)出的直角坐標(biāo)文件格式有：
Gaussian Job Files (*.gjf)
XYZ Coordinate (*.xyz)
Brookhaven PDB Files (*.pdb,*.ent)
MDL MOL Files (*.mol,*.sdf,*.sd,*.mdl)
Catalyst Files (*.cpd)
Catalyst Query Files (*.chm)
VRML World Files (*.wrl)
Smiles Files (*.smi)
GIF Files (*.gif)
JPEG Files (*.jpg)
DS ViewerPro Files (*.msv)
(4)可導(dǎo)出的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)文件格式有：
Gaussian Job Files (*.gjf) 

分子和晶體結(jié)構(gòu)坐標(biāo)編輯器(Cartes)有什么特點(diǎn)

（一）自動(dòng)識(shí)別點(diǎn)群 
象Chem3D這樣專(zhuān)業(yè)的軟件目前尚沒(méi)有自動(dòng)識(shí)別點(diǎn)群的功能，而GaussView的3.07以來(lái)的版本已經(jīng)增加了此項(xiàng)功能，但是其準(zhǔn)確程度令人擔(dān)憂(yōu)。似乎GaussView傾向于低估分子的對(duì)稱(chēng)性，例如它往往無(wú)法判斷出高于6重軸的對(duì)稱(chēng)性，如碳管(7,7)，GaussView給出的點(diǎn)群是C2h，而實(shí)際是D7d；又比如碳管(5,5)，它認(rèn)為其點(diǎn)群是C5，而實(shí)際是D5d。
可見(jiàn)自己動(dòng)手寫(xiě)一個(gè)自動(dòng)識(shí)別點(diǎn)群的程序是很具有挑戰(zhàn)性的，于是我就寫(xiě)了這樣的程序，現(xiàn)在正好把它集成到Cartes軟件里來(lái)了。
（二） 自動(dòng)調(diào)整分子取向
自動(dòng)將分子的主軸調(diào)整到x,y,z軸上。
自動(dòng)將分子的自定義的某個(gè)軸調(diào)整到自定義的另外一個(gè)軸上。
（三）對(duì)稱(chēng)操作矩陣自動(dòng)生成向?qū)?br/>在進(jìn)行對(duì)稱(chēng)操作時(shí)，原先需要自行輸入變換矩陣，這往往要求用戶(hù)自己推求矩陣元，因而極為不方便。
現(xiàn)在我加入了對(duì)稱(chēng)操作矩陣自動(dòng)生成向?qū)�，可以十分方便地按照�?duì)稱(chēng)變換自動(dòng)生成變化矩陣。我想這是一個(gè)令人振奮的改進(jìn)！
（四）通過(guò)空間群自動(dòng)添加操作矩陣
嚴(yán)格按照各個(gè)空間群的對(duì)稱(chēng)性關(guān)系自動(dòng)來(lái)添加對(duì)稱(chēng)操作矩陣，這應(yīng)該是繼對(duì)稱(chēng)操作矩陣自動(dòng)生成向?qū)е�后又一個(gè)明顯方便有效的改進(jìn)。
（五）多種文件格式的兼容和互轉(zhuǎn)
如果有可能的話，以后我還會(huì)兼容其他文件格式——比如Gaussian等量化軟件的out文件等等。
（六） 語(yǔ)言切換
有中文和英文兩種語(yǔ)言的支持。
（七） Office XP界面
另外還采用了真彩色菜單的技術(shù)，進(jìn)一步美化了界面。
（八） 綠色軟件
無(wú)需安裝，直接運(yùn)行，不產(chǎn)生垃圾文件，不對(duì)注冊(cè)表進(jìn)行操作。 
關(guān)于對(duì)稱(chēng)操作的使用 
當(dāng)選擇“對(duì)稱(chēng)操作”后，會(huì)彈出一個(gè)輸入對(duì)稱(chēng)性操作矩陣的面板，對(duì)稱(chēng)性操作矩陣的格式和意義如下：
每一個(gè)對(duì)稱(chēng)性相關(guān)矩陣必須以%（表示該對(duì)稱(chēng)性相關(guān)矩陣對(duì)分?jǐn)?shù)坐標(biāo)進(jìn)行操作，其平移量采用分?jǐn)?shù)坐標(biāo)的單位）或#（表示該
對(duì)稱(chēng)性相關(guān)矩陣對(duì)直角坐標(biāo)進(jìn)行操作，其平移量采用以埃為單位）開(kāi)頭，換行或空格后，就輸入對(duì)稱(chēng)性相關(guān)矩陣，格式為：
p11 p12 p13 t1
p21 p22 p23 t2 
p31 p32 p33 t3
其中t1,t2,t3的單位由標(biāo)識(shí)符‘%’和‘#’指明（含義見(jiàn)上），對(duì)于同一個(gè)輸入文件‘%’和‘#’可以混合使用。 

分子和晶體結(jié)構(gòu)坐標(biāo)編輯器(Cartes)怎么用

分子和晶體結(jié)構(gòu)坐標(biāo)編輯器(Cartes)使用技巧

1、只將部分方向上的坐標(biāo)進(jìn)行轉(zhuǎn)換：
可以通過(guò)設(shè)置特定的晶胞參數(shù)值來(lái)實(shí)現(xiàn)。
例如：只讓x直角坐標(biāo)轉(zhuǎn)化成分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，y、z坐標(biāo)仍保持直角坐標(biāo)不變：
可以取a=a, b=1, c=1, alpha=90, beta=90, gamma=90
又如：只讓A和B分?jǐn)?shù)坐標(biāo)轉(zhuǎn)化成直角坐標(biāo)，C坐標(biāo)仍保持分?jǐn)?shù)坐標(biāo)不變：
可以取a=a, b=b, c=1, alpha=90, beta=90, gamma=gamma
其余情況同理設(shè)置。
2、生成按照給定對(duì)稱(chēng)性關(guān)系得出的所有相關(guān)原子的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)或直角坐標(biāo)。
如果既要演化出對(duì)稱(chēng)性相關(guān)的坐標(biāo)，又要保持原有坐標(biāo)不變（通常情況下確實(shí)如此），就應(yīng)該將第一個(gè)對(duì)稱(chēng)性相關(guān)矩陣設(shè)為恒等陣，即：
%
1 0 0 0
0 1 0 0
0 0 1 0
然后再接著輸入給定對(duì)稱(chēng)操作對(duì)應(yīng)的對(duì)稱(chēng)性相關(guān)矩陣即可。
3、按照指定需要任意平移、旋轉(zhuǎn)、反映或反演當(dāng)前的坐標(biāo)：
只寫(xiě)相應(yīng)操作的對(duì)稱(chēng)性相關(guān)矩陣即可，但最好用對(duì)直角坐標(biāo)進(jìn)行操作的方法（因?yàn)閷?duì)分?jǐn)?shù)坐標(biāo)的操作會(huì)受到
晶體對(duì)稱(chēng)元素的限制），如反演原先晶胞，再沿y方向平移1.8埃就可以寫(xiě)為：
#
-1 0 0 0
0 -1 0 1.8
0 0 -1 0
4、DOS下命令行方式
(1) 在DOS下打開(kāi)文件
命令行輸入：cartes 輸入文件名
(2) 查看本使用幫助文件：
命令行輸入：cartes /?